Die Haupttätigkeit der Schifffahrtspolizei besteht in der Kontrolle der internationalen Grossschifffahrt, das heisst, alle Schiffe über 20 m Länge, welche auf dem Rhein ab Basel und Rheinfelden verkehren. Dabei werden hauptsächlich internationale Vorschriften in Bezug auf Fahrregeln, Besatzung, Technik, Gefahrgut, Umweltschutz, Sicherheit und administrative Aufgaben kontrolliert. Betroffen davon sind hauptsächlich Tankmotorschiffe, Gütermotorschiffe und Fahrgastschiffe. Diese Kontrollen erfolgen meistens von Land aus, können aber auch während einem Einsatz mit dem Polizeiboot vom Wasser aus erfolgen. Wenn die Schifffahrtspolizei eine Widerhandlung an Bord eines Schiffes feststellen, wird zuhanden der zuständigen Staatsanwaltschaft ein Bericht erstellt. Ereignet sich eine Havarie oder eine Gewässerverschmutzung, werden die ausgerückten Behörden wie Feuerwehr, Polizei und Amt für Umwelt und Energie von der Schifffahrtspolizei in nautischen und schiffstechnischen Belangen unterstützt. Zudem arbeitet die Schifffahrtspolizei im Alltag eng mit den zuständigen Kantonspolizeien, mit der deutschen und mit der französischen Polizei zusammen.